در آزمایشگاه های تشخیص طبی بخش میکروب‌شناسی تنها واحدی است که همچنان غیر وابسته به دستگاه های اتوماتیک و آنالایزرهای پیشرفته فعالیت می‌کند. این بخش چون بر پایه ی کار عملی بر روی نمونه‌های بالینی و تشخیص نهایی استوار است، لذا نیاز به نظارت روزانه از سوی مسئولین مربوطه دارد تا تمامی گزینه‌های دخیل در تشخیص نهایی نتایج بیماران دور از خطا و تحت برنامه‌های کنترلی باشند.

در این بخش نمونه های خون، ادرار، مایعات مختلف بدن و غیره مورد بررسی میکروسکوپی و کشت واقع شده و تست های دقیق آنتی بیوگرام (بر اساس دستورالعمل CLSI) توسط سیستم آنتی بیوگراف صورت می گیرد و نتایج آنتی بیوگرام گزارش می شود.

بخشی از تجهیزات به شرح زیر است :

1- سیستم های مختلف انکوباتور برای کشت های هوازی

2- سیستم اتوماتیک آنتی بیوگراف

3- هودهای مختلف ساده و لامینار

 4-انواع محیط های کشت

5- میکروسکوپ LABOMED مدل دوربین دار ساخت آمریکا

 6- جار

مطابق سایر بخش‌های این آزمایشگاه برای واحد میکرب‌شناسی نیز برنامه کنترل کیفی بسیار جامع و منسجمی براساس الزامات مرجع سلامت و سایراستانداردهای آزمایشگاهی معتبر تهیه و تدوین شده که به شکل روزانه توسط مسؤول واحد میکرب‌شناسی، مسؤول کنترل کیفی و شرکت‌های پشتیبان جهت ممیزی و بازرسی اجرا و نظارت می‌گردد.